Ferryboat
Υπάρχει σύνδεση με Άγιο Κωνσταντίνο και Βόλο μέσω Σκιάθου και Σκοπέλου.
Το καλοκαίρι τα δρομολόγια είναι τακτικά, ενώ πραγματοποιούνται και συνδέσεις με το λιμάνι της Θεσσαλονίκης, ενώ το πλησιέστερο δρομολόγιο είναι της Σκοπέλου.
Flying dolphin
Η Αλόννησος συνδέεται τακτικά με τα λιμάνια του Βόλου και του Αγίου Κωνσταντίνου μέσω Σκιάθου και Σκοπέλου.
Το καλοκαίρι τα δρομολόγια είναι πολύ πιο πυκνά, ενώ πραγματοποιούνται και συνδέσεις με Σκύρο, Κύμη, Αιδηψό, Ωρεούς, Πευκί, Πλατανιά, Θεσσαλονίκη, Μαρμαρά, Μουδανιά, Πόρτο Καρά.
Μικρά πλοία
Βάρκες και καϊκια πραγματοποιούν δρομολόγια και εκδρομές προς όλες τις όμορφες παραλίες και τους παραλιακούς οικισμούς του νησιού, με αφετηρία το λιμάνι του Πατητηριού.
Την καλοκαιρινή περίοδο πραγματοποιούνται πολλές ημερήσιες εκδρομές με προορισμό τις βόρειες και δυτικές ακτές του νησιού και το θαλάσσιο πάρκο.
Πρακτορείο πλοίων